Институт будет исследовать экологические проблемы Каспийского моря, проблему снижения уровня воды, причины массовой гибели тюленей и рыб, вопросы сохранения популяции каспийского тюленя, ихтиофауну, акваторию и побережье Каспия. Ещё одним направлением будет обеспечение тесного взаимодействия с коллегами из других прикаспийских государств.

Кроме того, институт будет предоставлять объективную и независимую информацию по всем направлениям экосистемы Каспийского моря. Полученные данные послужат основанием для принятия комплексных мер государственными и местными исполнительными органами. Создание научной организации также даст возможность в полной мере исполнять международные и национальные обязательства по сохранению Каспия.